Cuando programamos en Java, a veces conviene tener unos pequeños scripts que ayuden a ejecutar la aplicación, a chequear la documentación y a documentarla. Estos son los que he estado usando yo tanto para GNU/Linux como para Windows.

ejecuta

Ejecuta el fichero jar que le indiquemos y es válido tanto para GNU/Linux como para Windows, por lo tanto con su código podemos crear los scripts ejecuta.sh y ejecuta.bat:

java -jar Fichero.jar

chequea

Comprueba que los ficheros fuente estén correctamente documentados antes de pasar el JavaDoc. Requiere que en la carpeta lib exista con la libreria doccheck.jar dentro y que el código fuente se encuentre en el directorio src con el paquete comenzando en com.
chequea.sh

mkdir ./doccheck
javadoc -doclet com.sun.tools.doclets.doccheck.DocCheck -docletpath ./lib/doccheck.jar -d ./doccheck -sourcepath ./src -subpackages com -private

chequea.bat

mkdir .\doccheck
javadoc -doclet com.sun.tools.doclets.doccheck.DocCheck -docletpath .\lib\doccheck.jar -d .\doccheck -sourcepath .\src -subpackages com -private

documenta

Genera la documentación JavaDoc buscando el paquete com y la codificación de los ficheros fuente en UTF-8.
documenta.sh

mkdir ./doc
javadoc -sourcepath src -d doc -subpackages com -encoding UTF-8 -version -author -private

documenta.bat

mkdir .\doc
javadoc -sourcepath src -d doc -subpackages com -encoding UTF-8 -version -author -private