Me ha pasado unas cuantas veces que me descargo una película en formato MKV (Matroska) y al copiarlo en un pendrive para verlo en la TV, no me cabe ya que el tamaño máximo de un archivo en un pendrive formateado en FAT32 es de 4Gbytes y las películas codificadas en este formato rara vez ocupan menos.

Aquí podríamos hacer dos cosas, o recodificar el MKV a mp4 para comprimirlo (pero tardaría bastante) o partir el fichero en cachos de un tamaño determinado manteniendo el formato MKV. Esto último es lo que vamos a hacer.

partir ficheros MKV

En linux, podríamos usar mencoder o ffmpeg, pero ya que tenemos una programa con GUI, vamos a utilizarla:

sudo apt-get install mkvtoolnix

ahora abrimos el programa MKV merge desde nuestro lanzador de aplicaciones, y nos toparemos con la siguiente interfaz.
mkvmerge-entrada

en el apartado ‘Entrada‘, seleccionamos el fichero de entrada para convertir, y los audios que queramos mantener. En la pestaña ‘Opciones generales‘, seleccionamos el modo de corte basado en tamaño, para que me parta la película en ficheros de 1Gbyte:
mkvmerge-generales

Y cuando tengamos todos los parámetros listos, pulsamos sobre ‘Iniciar Multiplexado‘. Los fragmentos de la película quedarán en el mismo directorio de la película original.

Para más información: http://www.bunkus.org/videotools/mkvtoolnix/