Éstos días he andado descargando vídeos de youtube, y muchos de ellos se encontraban troceados en varias partes. Para no complicarme la vida yo los quería unir, ya que así el desorden parece que es menor en mi disco duro. Estuve buscando en internet varias soluciones con Pitivi, Avidemux, Kino… hasta que me encontré con mencoder: fácil, pero por consola.

#Instalamos menconder.
sudo apt-get install mencoder
#juntamos los videos, tienen que tener el mismo tamaño, fps..etc.
mencoder -ovc copy -oac copy -o videounido.flv video1.flv video2.flv video3.flv

Espero que os resulte útil.