Estoy descargando estos días muchos vídeos del youtube a mi disco duro, y veo como el JDownloader, ralentiza por completo todo mi sistema. Buscando soluciones he optado por desinstalar la versión libre de java: OpenJDK y poner la oficial de Sun-Oracle, para ello:

#Si hacemos un java -version veremos que tenemos OpenJDK instalado.
java -version
#Añadir el repositorio partner.
sudo add-apt-repository "deb http://archive.canonical.com/ natty partner"
sudo apt-get update
sudo apt-get install sun-java6-jre sun-java6-jdk sun-java6-plugin sun-java6-fonts
#Desinstalar OpenJDK.
sudo apt-get remove --purge openjdk-6-jre

Espero que os sirva. Saludos.