Para compilar FFmpeg en Ubuntu y derivadas:

Eliminar versiones anteriores

sudo apt-get remove ffmpeg

Compilar FFmpeg

sudo apt-get install git libx264-dev build-essential pkg-config
git clone git://source.ffmpeg.org/ffmpeg.git ffmpeg
cd ffmpeg
./configure --enable-gpl --enable-libx264 --enable-nonfree --disable-yasm
make
sudo make install