Si necesitas convertir miles de videos flv en mp4 que esten en distintas carpetas y subcarpetas, puedes usar ffmpeg y un script bash, o bien Handbrake y una interfaz escrita en .net llamada «handbrake batch converter mk2». Esta interfaz permite, con solo elegir la capeta origen, importar recursivamente todos los videos que haya, y aplicarle ‘presets’ de conversión que viene implícitos con Handbrake. Lo malo, es que sólo funciona en Windows, teniendo instalado el .net framework 4.

Yo, para convertir los flv a mp4 y que fuesen validos para descargar mediante streaming (pagina web), use el siguiente comando:

-O -e x264 -b 1000 -a 1 -E faac -B 160 -6 dpl2 -R 48 -D 0.0 -f mp4

pero en la wiki de handbrake están documentados todos los posibles parametros para personalizar la codificación.

Un saludo.